Erling Haaland mencetak dua gol di babak kedua, gol pertama Erling Haaland di Liga Champions dalam enam pertandingan.
Juara bertahan City mendominasi jalannya pertandingan dan memimpin pada menit ke-48 ketika Manuel Akanji mencetak gol.
Tuan rumah Swiss menyamakan kedudukan tak lama setelah itu melalui chip indah Meschack Elia.
Namun penalti Haaland pada menit ke-67, disusul penalti keduanya saat waktu tersisa empat menit.
Memastikan City tetap memuncaki klasemen Grup G dengan sembilan poin dari tiga pertandingan.
“Begitulah yang terjadi, jika Anda tidak memanfaatkan peluang, itu akan menjadi sulit,” kata bek City Rico Lewis kepada rekan Media.
Pada akhirnya para penyerang memanfaatkan peluang mereka dan kami memenangkan pertandingan.”
Pasukan Pep Guardiola kini tidak terkalahkan dalam 16 pertandingan terakhir mereka di Liga Champions.
Menang 10 kali dan seri enam kali, dengan hanya Manchester United antara tahun 2007 dan 2009.
Yang memiliki rekor tanpa kekalahan lebih lama di antara tim-tim Inggris di kompetisi tersebut.
BACA JUGA: Reaksi Martin Keown dan Owen Saat David Raya Yang Hampir Terjadi Gol Bunuh Diri
Mereka memimpin ketika bek Swiss Akanji mencetak gol di tanah airnya dari jarak dekat.
Setelah sundulan Ruben Dias ditepis mistar gawang oleh kiper Young Boys Anthony Racioppi.
City kembali menyamakan kedudukan ketika Elia mendapat umpan terobosan langsung yang berhasil dilempar dengan sempurna ke Ederson.
Namun pergelangan kaki Rodri terjepit oleh sepak terjang Mohamed Ali Camara yang kikuk di dalam kotak.
Yang memungkinkan Haaland mencetak gol dari titik penalti dan memastikan tiga poin di Bern – sebelum ia menambah skor pada skor.
Bagi sang juara bertahan, pertandingan ini adalah tentang keluar dari Stadion Wankdorf.
Dengan rekor grup 100% utuh dan bebas cedera, dengan derby Manchester di Old Trafford dalam waktu empat hari.